De Windotter is in 1732 gebouwd en in 1987 gerestaureerd. De molen heeft meerdere voorgangers gehad, die van hout waren gemaakt en dus een kortere levensduur hadden. Op prenten van vóór 1732 zijn deze te herkennen als het gebruikelijke type standerdmolen met een rechthoekig eikenhouten bovenhuis, dat in zijn geheel draaide om een geschoorde spil of standerd die tot beneden doorliep.
In de molen bevinden zich diverse balken, die waarschijnlijk afkomstig zijn van de voorganger van de molen. In de achttiende eeuw waren stevige houten balken schaars en duur en werden daarom hergebruikt. Op basis van dendrochronologisch onderzoek, de wetenschap die zich bezighoudt met dateren van hout aan de hand van jaarringen, is recent een balk uit De Windotter gedateerd.
Het betreft een eikenhouten balk uit een boom, die in de winter van 1637/1638 in Nederland moet zijn gekapt. Aan de hand van dit jaartal is historisch onderzoek door Hans Ellenbroek verricht en gebleken dat de voorganger van De Windotter, op de afbeelding te zien, zeer waarschijnlijk in 1639 is gebouwd. Daarmee is weer een stuk historie van de IJsselsteinse molens helder geworden.
