Vanaf de ontmanteling in 1917 was het proces van verval en onttakeling van de molen niet te stuiten. Alleen dankzij de specifieke vorm van de overgebleven romp bleef te zien dat hier een molen stond. In 1952 kocht smid Antonie Oskam de molen uit de nalatenschap van de familie Van Ek. Hij emigreerde in 1956 naar Canada en verkocht de molen toen aan Evert Versluis, die er in ging wonen. Evert Versluis maakte de Rijksdienst voor de Monumentenzorg er snel op attent dat de molenromp een bijzonder gebouw was.
Het molenbestand in heel Nederland holde achteruit. In 1850 waren er 9000 windmolens in ons land. Bij de oprichting van ‘De Hollandsche Molen, Vereniging tot Behoud van Molens in Nederland’ in 1923 telde men nog circa 2000 molens; in 1960 bedroeg dit aantal nog 991, waarvan tweederde onttakeld was of stilstond. Op het dieptepunt in 1968 waren er nog 950 molens. In de provincie Utrecht lag het dieptepunt op 27 molens in 1982.
Na de actie van Evert Versluis bracht de Vereniging ‘De Hollansche Molen’ in 1957 een bezoek aan de molenplek in IJsselstein. In het verslag van het bezoek werd opgemerkt dat herstel van de molen voor het silhouet van IJsselstein attractief zou zijn. Er viel echter nergens geld te verwachten voor herstel, zodat het tot 1967 stil bleef rond de molen en deze verder verslechterde. In dat jaar maakte de gemeente saneringsplannen voor de binnenstad, waarbij de Rijksdienst voor de Monumentenzorg werd gevraagd hoe belangrijk het molenrestant was. Dat resulteerde in de bijschrijving van de molen op de Rijksmonumentenlijst, waarmee de dreiging van overwachte sloop verdween.
Toen de familie Versluis de molen in 1977 verkocht kwam deze in handen van projectontwikkelaars, die vanwege de beschermde status van het object geen acceptabele ideeën voor exploitatie konden ontwikkelen. Plannen tot restauratie liepen steeds vast op de financiering. De onbewoonbare molen verloederde verder en kwam in 1984 onderhands in bezit van de gemeente. Met een voortvarende aanpak van het in 1985 opgerichte Comité tot Restauratie van de IJsselsteinse Molen kwam het in 1986 tot een definitieve aanvang van een 1,7 miljoen gulden kostende volledige restauratie van de korenmolen in IJsselstein.
Lees verder: De Windotter vanaf 1986