Na restauratie van De Windotter is deze full time in gebruik genomen. De insteek was toendertijd dat De Windotter zichzelf zou bedruipen door de verkoop van het meel, dat werd gemalen in De Windotter. Nog voordat De Windotter was gerestaureerd en herbouwd is Maarten Dolman als molenaar in dienst getreden. In eerste instantie waren de bakkers en groothandelaren de grootste afnemers bij De Windotter en konden particulieren in de molen terecht om door het raampje de molenproducten te kopen.
Maar de tijden veranderden en het werd duidelijk dat de toename van verkoop aan particulieren, onder andere door de populariteit van de broodbakmachine en bewustwording van gezond eten, niet meer mogelijk werd door de kleine ruimte. De verkoop geschiedde uit de molenkamer en deze was simpelweg te klein om alle klanten dagelijks te bedienen. De molenkamer stond vol met producten en de klanten stonden in (soms lange) rijen tot ver buiten De Windotter.
Er werd besloten tot de bouw van een molenwinkel op de plaats waar vroeger een schuur had gestaan. Met een schitterend ontwerp van WAS architecten werd het onmogelijke toch mogelijk, namelijk een eigentijdse molenwinkel met respect voor de historie tussen de stadsmuur en De Windotter. De winkel opende, na een half jaar proefdraaien, officieel op 2 juni 2007 zijn deuren.
Nu is gerust te stellen dat zonder deze prachtige molenwinkel De Windotter nooit zo goed had kunnen presteren en misschien zelfs vele klanten had verloren. Vele vrijwilligers hebben samen met Molenaarsvrouw Lia Dolman de molenwinkel op een geweldige wijze gemaakt tot wat het vandaag is, een winkel waar een groot (toenemend) en per jaargetijde wisselend assortiment aan hedendaagse producten te koop is. Alle soorten meel, glutenvrije producten, bier en allerlei verwante artikelen zijn in de overzichtelijke winkel ruim aanwezig.
