De Windotter is een echt molenbedrijf, waar met behulp van de kunststenen tarwe wordt gemalen tot volkorenmeel, dat met name wordt gebruikt voor het bakken van volkorenbrood. Daarnaast wordt met de blauwe stenen tarwe gemalen tot builmeel, dat daarna wordt gezeefd tot zuivere witte bloem voor cake, kruidkoek en pannenkoeken. De restproducten gries en zemelen gaan weg als veevoer. Behalve tarwe kan de molenaar ook rogge, gerst, haver, spelt, maïs en boekweit malen. Het roggemeel gaat naar bakkerijen voor het bakken van roggebrood, het gerstemeel gaat vooral naar allochtone IJsselsteiners, die graag gerstebrood bakken en het maïsmeel wordt vermengd met volkorenmeel voor het bakken van maïsbrood. Boekwetmeel is onder andere bestemd voor het maken van balkenbrij.
Een verticale maalstoel beneden kan tarwe breken om het te mengen met volkorenmeel voor het bakken van grof volkorenbrood. Met een pletter wordt geplet tarwe gemaakt, dat bakkers gebruiken als brooddecoratie, en geplet haver voor de ouderwetse havermoutpap.
Het molenbedrijf leverde in de eerste tien jaar na de restauratie voornamelijk aan warme bakkers en de groothandel, maar de verkoop aan zelf bakkende particulieren nam gaandeweg een grote vlucht en dat resulteerde in 2007 in de opening van een aparte molenwinkel achter de molen.
